Creo que, si no te he entendido mal, lo que pretendes es poder borrar y crear el score con la seguridad de que el color en el nombre va a permanecer ahí.Cierto es que la forma que te he explicado anteriormente es la más sencilla y solamente vale si el scoreboard ha de permanecer en el mapa. Por eso, complicaré un poco las cosas para que puedas crear el score con formato cuando quieras:
La forma de editar el formato es exactamente la misma, solo que ahora tendrás que cambiar el de un comando, en vez del de un scoreboard directamente. Para ser precisos,
el comando es el que te sirve para crear el score:
/scoreboard objectives add muertes dummy MUERTES
Debes pegar este comando en un Bloque de Comandos y, o bien mediante
Ctrl+Clic o convirtiéndolo en ítem, guardarlo en tu inventario.
Ahora es el turno de
NBT Explorer. Ábrelo y entra en el archivo
level.dat que se encuentra dentro de la carpeta de tu mapa:

Despliega el menú del jugador (
Player) y, dentro de éste, la
lista de items del inventario (
Inventory):

Encuentra el bloque de comandos que te has guardado y abre todas sus tags. En la que sea
Command, ábrela para editarla a continuación aplicándole el formato en el argumento de
Display Name (que aquí corresponde con MUERTES):

Presiona aceptar,
guarda los cambios realizados y entra en tu mapa. Coloca el bloque de comandos que has modificado y crea el score
(si ya estaba creado, elimina el anterior, solamente por seguridad).
Si todo ha salido correctamente, cuando lo muestres en el slot lateral aparecerá con el nombre formateado a tu gusto. De lo contrario, como el proceso puede ser un poco inusual, trata de hacerlo de nuevo partiendo desde el mismo punto.
De todas formas, ya sabes que puedes consultar cualquier duda.