Buenas, yo creo que obviamente todo va a gusto tuyo y como para los gustos colores yo te voy a decir lo que me gusta a mi, que no tiene que ser perfectamente lo que les guste a todos o que te guste a vos.
1- Lo que viene a ser un "orden" no hay, de hecho puedes poner otros bloques que no sean lanas. No se si soy el primero que la pensó/hizo es que el altar o monumento sea un pixelart de lo que quieras, y las lanas son para completarlo. Te tiro esa idea porque siempre tuve ganas de hacerlo pero nunca lo hice, asi que te dejo el legado del monumento pixelarteano

2- A mi siempre me gusto mas la cosa de mundo abierto, ir poniendo cosas sueltas y que en cada Dungeon te diga la coordenada de la siguiente y que si por casualidades de la vida te encontraras con otra en el camino puedas hacerla tranquilamente.
3- http://www.minecraftforum.net/topic/1969520-17-using-summon-give-datatags-in-map-making-tutorialswip/ suelo usar esta pagina para sacar comandos bastante jugosos, entra y fijate, hay cosas como aldeanos con tradeos personalizados.
4- Personalmente la experiencia va a ser mucho mejor con mods. Pero ahi está el problema que odio de los mods y es su instalación. No hay cosa mas pesada que andar instalandote mods para UN solo mapa. Esto se solucionaria con un instalador de modpacks (E-SPAM HeberonYT) y que en el modpack ya venga mapa y resource pack (En el caso de que hubiera).
5- Esto ya es dependiendo de si me hiciste caso o no en la respuesta 4, si vas a usar mods anda mirando la 1.7.10, pero si lo vas a hacer vanilla, yo optaria por los comandos de la 1.8
Espero que estoy te sirva y a todos los que tambien esten igual que vos
un saludo y paaz