Consejos por experiencias propias, a veces es mejor rehacer las cosas denuevo, por ejemplo tenias que hacer un bioma con montañas que rodean y que fuesen de arena con tallados ancestrales, pero el area te quedo muy chica, o no era lo mas cercano a lo que tu mente veía, entonces por ejemplo si fuese chica podrías simplemente agarrar esos margenes de paredes o montañas las cuales definen un limite, y apartarlas un poco mas, con comados como MCEdit, y después como unir esas transiciones que quedan del haber agrandado el mapa, lo mismo se aplica para achicarlo. Quizas te hubiese gustado que unas casas en una aldea que habias hecho queden un poco mas arriba y una se aprecie mas que la otra, o insertar una casa nueva que no tenias planeado poner en principio, lo que hay que hacer es meterla a la fuerza, y luego ir adaptando todo para que cobre sentido en ese lugar, basicamente, como dibujar, lo importante es que si vas a cambiar algo todo lo demas lo complemente, y este mas cerca de tu mente.
Rehacer todo denuevo tambien significa, si realmente no hay caso y no crees que se pueda mejorar eso, quizas a veces es mejor borrar ese progreso que te rompe tanto la cabeza y hacerlo denuevo, diferente o igual, la cosa es que hacer lo mismo denuevo no te va a dar el mismo resultado que antes, te va a dar algo mejor.
El principal problema que tenemos al construir es que no sabemos por donde empezar, como tu post indica, lo mejor siempre es dibujarlo, si no tenes ganas de hacerlo entonces pensarlo y ya, pero la cosa es tenerlo bien claro, tener un concepto paso por paso, y si es algo mas improvizado no hay que tener miedo de meter y sacar cosas.
Hacerlo cuando tengas tiempo y tengas ganas, no intentes forzar un mapa solo porque estuviste mucho tiempo haciendolo y ya queres terminarlo a pesar de que el progreso de las ultimas partes te descepciona un poco, por lo general siempre es así, uno trabaja tan duro al principio, y después lo termina debil, porque quiere terminarlo de una vez, y me ocurrio muchas veces, si ya no tenes ganas de continuarlo no hay que intentar continuarlo o buscarle la vuelta, no es un mapa perdido ni nada, todo lo que uno hace nunca es tiempo perdido, es como que yo perdiera el tiempo dibujando cosas que despues voy a tirar.
Si buscas en youtube poder ver la serie de ElRichMC que hace un mapa pequeño en un cañon y explica muchos pasos importantes sobre todo comandos, la cosa seria adaptar eso a una magnitud mas grande si es que tu mapa en principio es grande, pero no dudes que no vas a fracasar en un principio, nunca te va a salir algo a la primera, nisiquiera un programador puede hacer correr su codigo a la primera sin ningun fallo.
Experimentar, por mas que sea feo o no tenga mucho sentido, en principio podrias hacerlo simple, eso si, tampoco hay que abusar de esto, no es lo mismo hacer algo con tu maxima potencia a no hacerlo, por ejemplo, yo soy bueno construyendo y es lo que mas me encanta hacer, sin embargo la parte de comandos soy relativamente normal y no es lo que mas me guste no es que me apasione de algun modo, por eso no hay que abusar de esto, si no te gusta construir, entonces hay que buscar la forma de que te guste sino vas a terminar haciendo una casa que sean 4 paredes y un techo lisos sin ningun sentido y queden completamente feas en un overworld.
Y no se que mas decir, estos tips son improvizados, la cosa es que no pretendas hacer un ragecraft IV en un principio, porque solo vas a romperte la cabeza, te vas a estresar, y seguramente no sea exactamente como lo veias en tu mente, y vas a terminar abandonando el map making y denuevo.