En cuanto a lo de la botella de agua sucia podrías simplemente hacerlo con una poción modificada que oculte los efectos y que tenga como nombre "Agua Sucia" para hacer eso te recomiendo la siguiente página: http://minecraft.tools/en/potion.php

Y en cuanto a lo del mecanismo de deshidratación podrías hacerlo con un scoreboard que con el tiempo el valor vaya bajando, y que si detecta que el jugador está corriendo, que baje más rápido. Y que una vez el scoreboard llegue a cierto valor le empiece a dar efectos negativos al jugador o que directamente le quite vida

Espero haberte sido de ayuda