Voy a tratar de darte una solución, pero como estás aportando bastante poca información de tu problema, es posible que resulte en vano.
El problema que parece más evidente es el siguiente:
Suponiendo que la altura a la que están situados los cuatro caminos es la misma (pues es lo que parece con las imágenes que aportas), algo debe estar mal en las coordenadas que estás introduciendo en los comandos /spawnpoint ya que la altura de spawn que pones en cada camino es distinta y éstos, en cambio, tienen alturas iguales. Quiero decir con esto que, si en los comandos estás poniendo de alturas 46 para el camino rojo, 46 para el azul, 45 para el verde y 45 para el amarillo, parece lógico pensar que el problema se debe a que la altura correcta debería ser 46 ó 45 para todos. Procura fijarte varias veces en cuál es la ubicación de spawn que estás indicando y verifica si es posible que el jugador pueda estar ahí normalmente.
¿Por qué ocurre esto? La respuesta se da en muchas ocasiones como forma de evitar que el jugador se sofoque cuando se encuentra dentro de un bloque o de caer al vacío si no existiese un bloque sólido, en alturas inferiores a 65, donde posarse. Básicamente, es un comportamiento normal de Minecraft que hay que conocer para evitar que den problemas como el que muestras.

Si no te sirve lo anterior, prueba colocando bloques sólidos en las alturas 63 y 64 correspondientes a las coordenadas X y Z que estabas indicando en los comandos /spawnpoint.

De todas formas, al formular una pregunta o solicitar una respuesta a tus dudas, es conveniente que aportes cuanta mayor información pertinente te se posible para facilitar la resolución de las mismas.