No es tan difícil tienes que poner el nombre y la data del bloque que deseas ingresar, seguido de "replace" y la id y la data del bloque que deseas reemplazar, por ejemplo, quieres reemplazar toda la lana naranja por prismarine, para eso ingresas este comando:

En el caso del clone no puedes cambiarlo, pero si puedes clonar un bloque especifico de la estructura, ejemplo, tienes un castillo de stonebrick, pero quieres clonar toda la cracked stonebrick, para ello ingresas las coordenadas del clone, seguido de "filtered" y alguna de sus 3 modalidades, "normal", que solo copiara los bloques sin moverlos de su lugar, "forced", que realmente no se para que sirve :P y "move", que como dice, copiará los bloques pero los cambiara de sitio, el comando sería este:

Espero que te haya ayudado, recuerda que los "~" representan coordenadas, y recuerda, úsalo sabiamente , un saludo.
-ArM