Si mal no entiendo tu petición, has ido directo a uno de los temas más complicados que se pueden hacer con scoreboards.
Intentaré explicarte, de la mejor forma posible, cómo se lleva a cabo el mecanismo que te permitirá hecer esto.

Para que puedas ir probándolo te dejo el mecanismo entero en forma de One Command:/summon FallingSand ~ ~1 ~ {Block:redstone_block,Time:1,Riding:{id:FallingSand,Block:command_block,TileEntityData:{Command:fill ~ ~0 ~1 ~ ~-20 ~1 redstone_block},Time:1,Riding:{id:FallingSand,Block:command_block,TileEntityData:{Command:setblock ~ ~3 ~1 stone},Time:1,Riding:{id:FallingSand,Block:command_block,TileEntityData:{Command:setblock ~ ~4 ~ command_block 0 replace {Command:fill ~ ~2 ~ ~ ~-24 ~1 air}},Time:1,Riding:{id:FallingSand,Block:command_block,TileEntityData:{Command:/scoreboard players set @a mobsKilled 0},Time:1,Riding:{id:FallingSand,Block:command_block,TileEntityData:{Command:/scoreboard players set @a spKilled 0},Time:1,Riding:{id:FallingSand,Block:command_block,TileEntityData:{Command:/scoreboard players set @a zbKilled 0},Time:1,Riding:{id:FallingSand,Block:command_block,TileEntityData:{Command:/scoreboard players set @a spKillValue 2},Time:1,Riding:{id:FallingSand,Block:command_block,TileEntityData:{Command:/scoreboard players set @a zbKillValue 1},Time:1,Riding:{id:FallingSand,Block:command_block,TileEntityData:{Command:/scoreboard objectives add mobsKilled dummy Total de Mobs Matados},Time:1,Riding:{id:FallingSand,Block:command_block,TileEntityData:{Command:/scoreboard objectives add finalSpValue dummy Valor de Muertes de Arañas},Time:1,Riding:{id:FallingSand,Block:command_block,TileEntityData:{Command:/scoreboard objectives add finalZbValue dummy Valor de Muertes de Zombies},Time:1,Riding:{id:FallingSand,Block:command_block,TileEntityData:{Command:/scoreboard objectives add spKillValue dummy Valor de una Araña},Time:1,Riding:{id:FallingSand,Block:command_block,TileEntityData:{Command:/scoreboard objectives add zbKillValue dummy Valor de un Zombie},Time:1,Riding:{id:FallingSand,Block:command_block,TileEntityData:{Command:/scoreboard objectives add spKilled stat.killEntity.Spider Arañas Matadas},Time:1,Riding:{id:FallingSand,Block:command_block,TileEntityData:{Command:/scoreboard objectives add zbKilled stat.killEntity.Zombie Zombies Matados},Time:1,Riding:{id:FallingSand,Block:command_block,TileEntityData:{Command:/summon FallingSand ~2 ~ ~-1 {Block:command_block,TileEntityData:{Command:/scoreboard players reset @p spKilled},Time:1,Riding:{id:FallingSand,Block:command_block,TileEntityData:{Command:/scoreboard players operation @p mobsKilled += @p finalSpValue},Time:1,Riding:{id:FallingSand,Block:command_block,TileEntityData:{Command:/scoreboard players operation @p finalSpValue += @p spKilled},Time:1,Riding:{id:FallingSand,Block:command_block,TileEntityData:{Command:/scoreboard players operation @p spKilled *= @p spKillValue},Time:1,Riding:{id:FallingSand,Block:command_block,TileEntityData:{Command:/scoreboard players reset @p mobsKilled},Time:1,}}}}}},Time:1,Riding:{id:FallingSand,Block:command_block,TileEntityData:{Command:/summon FallingSand ~2 ~ ~1 {Block:command_block,TileEntityData:{Command:/scoreboard players reset @p zbKilled},Time:1,Riding:{id:FallingSand,Block:command_block,TileEntityData:{Command:/scoreboard players operation @p mobsKilled += @p finalZbValue},Time:1,Riding:{id:FallingSand,Block:command_block,TileEntityData:{Command:/scoreboard players operation @p finalZbValue += @p zbKilled},Time:1,Riding:{id:FallingSand,Block:command_block,TileEntityData:{Command:/scoreboard players operation @p zbKilled *= @p zbKillValue},Time:1,}}}}},Time:1,Riding:{id:FallingSand,Block:command_block,TileEntityData:{Command:gamerule commandBlockOutput false},Time:1,Riding:{id:FallingSand,Block:command_block,TileEntityData:{Command:fill ~2 ~-2 ~ ~2 ~3 ~ redstone_block},Time:1,Riding:{id:FallingSand,Block:command_block,TileEntityData:{Command:setblock ~2 ~-1 ~-1 command_block 0 replace {Command:fill ~ ~ ~1 ~ ~5 ~1 stone 0 replace redstone_block}},Time:1,Riding:{id:FallingSand,Block:command_block,TileEntityData:{Command:setblock ~2 ~ ~1 command_block 0 replace {Command:fill ~ ~ ~-1 ~ ~5 ~-1 redstone_block 0 replace stone}},Time:1,Riding:{id:FallingSand,Block:stone,Time:1}}}}}}}}}}}}}}}}}}}}}}}

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Comenzaré con la explicación mencionando que todo funciona gracias a la función operation que permiten los scoreboards.

Al igual que en el mecanismo generado por el comando anterior, debes comenzar creando tantos comandos como el triple de mobs a incluir más uno adicional:

Número de mobs:	Número de scores:
1	4
2	7
3	10
4	13
5	16

Yo he decidido nombrar cada score con el mob al que se va a referir y con el origen del valor que contendrá:Una vez tengas los scoreboards creados, cuando comiences a matar cualquiera de los mobs incluidos, aumentarán los valores de los que no sean dummy, es decir, de los que cuentan las veces que los has matado.
Éstos valores se multiplican por otro scoreboard, que contiene el número de puntos que aporta cada mob:Para ir acumulando los puntos de cada mob en un scoreborad sólo hará falta pasarlos a otro:Como paso final, para calcular el total de puntos obtenidos por matar los mobs, tendrán que sumarse estos valores del scoreboard anterior a un mismo scoreboard:Todo el rato tendrán que resetearse los primeros scoreboards para que no esté constantemente añadiendo puntos, al igual que sucede con el correspondiente con el recuento total:

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Con todo, los puntos se añadirán directamente al scoreboard final y también será posible extraerlos de los finales de cada mob.
Espero que sea esto lo que pedías y te haya servido. Pregunta cualquier duda que te la responderé con gusto.

En principio, los One Command son un método de compartir un sistema completo de comandos fácilmente (para el que lo hace, no tan fácil). Es muy útil en situaciones como esta porque sólo hace falta un comando para ponerlo en marcha.
Es normal que, siendo el primero que has visto, te parezca rara la forma que tiene de crearse, pero es bastante lógica cuando la llegas a entender.
Los mayores problemas que pueden causar son debidos, casi siempre, a la variación entre la versión de Minecraft del creador y la del que lo ejecuta. Éste, en concreto, requiere la 1.8 para funcionar.
Hay algunos que vienen con una caja externa que evita el contacto con otros mecanismos y embellece tu creación, pero no es el caso. El que tienes en la respuesta del post es algo como esto:


También es muy común compartir creaciones como esta mediante un schematic (leído e importado utilizando McEdit).
Pondré también la descarga del schematic por si finalmente lo pruebas así: github.com/KaliNuska/Minecraft/releases/download/0.0.0/Custom.points.mob.schematic (sigue requiriendo la 1.8).