Hola
He estado mirando en internet, y la verdad no me ha costado mucho encontrar que puedes usar el plugin WorldGuard, que se debe usar obligatoriamente con MCEdit, por lo que he entendido.
Te dejo dos links, el primero de una página en español que explica para que sirve el plugin (y otra manera de hacer lo que tú pides), y el segundo la página con más información sobre plugin (en inglés).
http://www.playbukkit.com/zonas-pvp-y-zonas-no-pvp-en-minecraft/
http://dev.bukkit.org/bukkit-plugins/worldguard/
Espero haberte ayudado, saludos

Hola de nuevo.
Perdona, no reparé en que decías que era en vanilla .
He seguido buscando y he encontrado un vídeo (en inglés) con buena pinta, y en vanilla. Lo hace con scoreboards. Ahí va el link:
https://www.youtube.com/watch?v=Lgy_kysRLnc
Espero que ahora SÍ te pueda ayudar, saludos