Es posible que estés intentando spawnear los Squid en alturas en las que nop ueden ser spawneados.
Debes saber que desde la Beta 1.9, los Squid no se podrán spawnear si no es entre la altura 46 y 62.
Además, el comando tenía unas NBT Tags con el valor "undefined" que posiblemente estaban impidiendo que el Filtro funcionase correctamente.

Te he puesto el Mob Spawner en un Schematic para que puedas probarlo por ti mismo: www.mediafire.com/download/b4b2tan1tftayyt/Spawner_de_Squid_montado_en_Zombie.schematic

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Si no te basta con lo anterior, como dices que no te funciona con otros mobs necesitaré las respuestas a las siguentes preguntas para poder averiguar de qué se trata:
¿Con qué tipos de mob has probado?, ¿en qué versión de Minecraft y McEdit estás?, ¿tienes la dificultad en pacífico?, ¿has probado a meter de nuevo el filtro?, ¿es el de SethBling el que usas?