La mejor forma de hacerlo sería con plugins para un servidor, pero como imagino que no será el caso, he hecho un sistema (en la 1.8) para modificar el daño de las Snowballs (siempre a más del que hacen por defecto o que no hagan daño).

El sistema consta de un comando por cada mob al que quieras que le produzca más daño una Snowball.
Cada comando está compuesto por una cadena de dos /execute seguidos de un /effect^?.
Los bloques que contengan los comandos deberán estar actualizados mediante un reloj extremadamente rápido; te recomiendo los de /fill.

Debido a que no a todos los mobs les afecta el daño instantáneo, ya que los Undead son dañados con vida instantánea, es necesario un comando por cada mob.
Los comandos son los siguientes, divididos por tipo de mobs y con MD o SD:
Si quieres que todos los mobs sean afectados por las Snowballs con el daño elegido, debes poner por cada mob un comando del tipo que quieras.
Sólo hace falta que modifiques los campos de <duración> y <cantidad de daño> de los comandos tipo MD.

Cualquier problema que te surga con respecto a estos comandos, coméntalo y procuraré resolverlo.