Cuando ya lo tienes instalado completamente (si lo logras) el mejor es netbeans segun me han dicho, por eso necesita descargar mil boludeces xD, para tener muchas mas funciones, pero ya lo intenté yo y es muy dificil hacerlo.
Sino es eclipse, ya sabes que se descarga y practicamente lo podes usar al toque, ademas que te corrige los errores directamente, aunque probablemente no te de una explicacion detallada del error, aunque no se si NetBeans lo hará. 
Me quedo con eclipse.

Lo primero, no te fies por su creador, ya que en el proyecto Eclipse también participa Oracle. Luego, Eclipse es más modular, mediante plugins puedes meterle cualquier cosa, mientras que Netbeans lo veo más limitado, tiene una menor comunidad además de que la instalación tienes que hacerla a mano, bajarlo por tu cuenta etc, mientras que en Eclipse, lo haces desde el propio programa y muy fácilmente.
Por otro lado, Eclipse  ofrece la compilación automática, resaltando errores y diciéndote que falla (te lo indica si pones el ratón en el icono del error o encima del error) e incluso te permite corregirlo automáticamente. Supongo que en Netbeans se podrá poner esto, pero yo no me he parado mucho a buscarlo.
A nivel de completitud, Netbeans viene con muchas cosas instaladas que seguramente no llegues a utilizar nunca, cosa que ralentiza mucho el programa, mientras que Eclipse viene con lo justo y si necesitas algo, se lo incluyes.
Por último, Netbeans nos permite crear código pinchando y arrastrando unos iconos, que a primera vista nos permite hacer las cosas más rápido, pero eso hace que el usuario se despreocupe de esas partes de código y tampoco aprenda a usarlas, además de que el código generado de esta manera es pésimo, hace en diez líneas lo que puedes hacer en un par.
Conclusión, yo prefiero y recomiendo Eclipse.

Buen dato alfo
yo en el siguiente semestre creo que estoy obligado a usar netbeans... no tenia idea de eclipse :3