Hasta donde yo sé son cosas distintas. Un server Vanilla no es lo mismo que un Bukkit. Y para poner plugins necesitas Bukkit. Los server Vanilla se llaman así precisamente por eso, porque no tienen otras añadiduras además de los Mods propiamente dichos.

creo que me exprese mal. Por "vanilla" me refiero a el server que se descarga desde minecraft.net y no necesita ni hamachi ni bukkit ni nada por el estilo. Segundo se que no es lo mismo un server vanilla que un bukkit. Mi pregunta era que si los plugins se pueden poner sin un "programa externo" o otro distinto a bukkit como lo dice alfomega. Y lo del mod trata de que en vez de poner un plugin como tal ponerlo como un mod. Eso lo lei en varias partes y en varios videos.