Simple.
Te lo explico
Haces
/testforblock ~ ~ ~ Y el bloque que quierasejemplo:
/testforblock 134 12 341 wool

el testforblocks sirve para detectar si hay por asi decirlo estructuras iguales,
tienes que usar dos coordenadas para seleccionar un area como con el /clone y luego en donde quieras usarlo, utilizando las coordenadas que usarias en el clone para clonar una estructura en el lugar que quieres.

Pongamos un ejemplo:
digamos que tenemos un cubo de stone de 2x2, que en una de sus esquinas tiene un bloque de dirt, y queremos usar el testforblocks para saber si el jugador ha construido otro cubo de 2x2 exactamente igual.
usariamos las coordenadas en las que se situa el cubo de stone, tal y como si fueramos a usar un /clone, y en el lugar donde queremos comprobar que el jugador haga una replica de ese cubo colocamos las terceras coordenadas.

Si el jugador hace exactamente el cubo como en el que usamos de modelo entonces el bloque de comandos donde este mandara una señal, activando un comparador o un bloque de comandos en cadena.