Mi recomendación es que busques el foco del problema:
Prueba a ir por el mundo viendo donde aumenta el lag, puede que sea de algún mod en concreto que tenga un fallo y genere esas entidades con el tiempo. También puede ser que ocurra en las zonas en las que más cosas tengas, por ejemplo si usas Buildcraft e IC2 juntos y tienes una fábrica de procesamiento automático grande, tienes muchas entidades, una por máquina, más las tuberías del BC, los objetos que van por ellas, etc.
Una vez tienes identificada la zona, prueba a poner y quitar ciertos objetos a ver si el lag persiste e identificar la fuente exacta. Vas acotando poco a poco terreno.
Por último, destacar que a veces surge un fallo no previsto y hace que una entidad haga algo no esperado, si la quitas y vuelves a poner se reinicia, por lo que no tendría el fallo, que en este caso puede ser un consumo excesivo de recursos generando esas entidades fantasma.