Creo que no se puede detectar si estas especificamente dentro del agua, pero como dices si lo que quieres es que detecte a un jugador en unos bloques de agua especifico podrias simplemente detectar si esta especificamente en esos bloques, sin contar que sea agua o no.

Por ejemplo: Los bloques de agua son [x=100 y=1 z=0] y [x=101 y=2 z=0]

 Pues crear un testfor que detecte si hay un jugador exactamente en esos bloques, no estoy segura, pero creo que el comando seria el siguiente:
 /testfor @a[x=100,y=1,z=0,r=1]
 /testfor @a[x=101,y=1,z=0,r=1]

Luego pones un comparador y una puerta lógica OR y después continuas el sistema a partir de esa salida

Espero que te haya servido de ayuda,

Un saludo, Ana! ^^ 

Muchas gracias a todos