Se me ocurre que hicieras un reloj con repetidores por ejemplo y que durante un tiempo se active un comando como este:
/execute @e[type=Witch] ~ ~ ~ /summon Skeleton ~2 ~ ~
ese el de un lado, luego el otro
/execute @e[type=Witch] ~ ~ ~ /summon Skeleton ~-2 ~ ~

O si no otra manera es colocándole un minecart con un spawner de esqueleto en la cabeza, aunque ese comando no estoy seguro de como se hace, pero se puede (lo se porque lo he visto en algunos mapas).

Eso en otro reloj con otro execute:
/execute @e[type=Skeleton] ~ ~ ~ /particle smoke ~ ~ ~ <xd> <yd> <zd> tiempo cantidad

en mi opinion puedes poner un scoreboard para que el execute funcione bien
serial algo así:
creas un score llamado tiempo,tiene que ser un dummy. luego le agregas cincuenta puntos (no es necesario solo cincuenta pones los puntos necesarios para que se aparezcan los skeletos) luego pones otro reloj que le merme 1 punto cada x tiempo
cuando llegue a 5 puntos pones que lo detecte y pones que se summonen los skeletos, pones otro detector cuando llegue a cero y cuando llegue a ese numero pones otro comando para agregarle 50 puntos de nuevo y luego repites el proceso
espero que te sirva y saludos