No se de MCEdit, pero se como hacerlo con WorldEdit.
Primero seleccionas el area, copias y pones
/rotate <grados>
, luego paste. No puedo explicar bien ni pasarte un video porque estoy en el movil, pero OllieGamerZ tiene un video de como crear un mapa PvP, en una parte dice como rotarlo. Tampoco puedo desde el movil confirmar si era como dije :-P.