TestFor en CommandBlock conectado a un reloj es suficiente:
/testfor @p[x=<CoordenadaX>,y=<CoordenadaY>,z=<CoordenadaZ>,r=0]
Este comando detectará cuando un jugador pase sobre unas coordenadas exactas, si quieres que sea una área puedes editar el argumento "r=",
que es el radio desde las coordenadas que pusiste donde detectará a un jugador.
Luego un comparador, otro CommandBlock:
/setblock <CoordenadaX> <CoordenadaY> <CoordenadaZ> <BloqueQueQuieresPoner>
Y listo, espero haberte ayudado. :)