Como lo quieres hacer con un solo comando, en este caso, te recomiendo utilizar el propio comando effect y añadir un criterio de selección por coordenadas al selector de objetivo.
El comando quedaría así:effect @a[x=0.5,y=64.0,z=0.5,r=2] minecraft:instant_damage 1 2 falseModifica las coordenadas y radio para que sean las apropiadas a tu mapa y los valores de duración e intensidad del efecto.
Si tienes alguna otra pregunta, no dudes en responder indicando detalles como la versión que utilizas.