Bien, primero te recomiendo que especifiques las coordenadas dentro del comando para que no halla problemas.
/entitydata @e[x=-3992,y=85,z=-3993,r=50,type=Skeleton] {}
Segundo, no se pueden poner Espacios dentro de la dataTag, por lo que tu única solución es cambiar el nombre del mob y del comando para que los espacios sean "_"
/entitydata @e[x=-3992,y=85,z=-3993,r=50,type=Skeleton,name=The_Darkness_Guardian]
Puede que quede menos estético... pero es la única forma de que funcione.
O puedes crear un scoreboard especifico para el boss.
/scoreboard objetives add Boss dummy
y agregarle un punto a ese boss en especifico.
/scoreboard players set @e[type=Skeleton] Boss 1 {NBT caracteristica del boss}
osea una NBT que solo hallas usado en ese mob.
Despues ejecuta el entitydata a alguien con el Score de "Boss_1"
/entitydata @e[x=-3992,y=85,z=-3993,r=50,score_Boss_min=1] {}
Saludos.