Vacié en un cuadrado de 270x 270 alrededor de la multi dust con mcedit, pero cuando esoy haciendo la granja, cuando avisto el limite de la zona quitada de bloques, se me cierra el minecraft, probé con la 1.8 /kill @e, voy de nuevo a construir, y me pasa de nuevo. Expliquenmelo.

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... que haga copia y pegar en otro lado?

Pues esto me lleva a pensar que lo mas probable es que mcedit haga que minecraft detecte lo bloques cambiados cuando los cargas, y los cambia en ese momento, por lo tanto te crashea por tantos datos procesados.

No deberias usar mcedit para ese tipo de cosas, si no tenes mucho tiempo y es un survival que no jugarás en survival hacelo con tnt y creativo. Diría que es irreparable lo que hiciste y que solo un backup salvaria esa parte del mundo.

PD: la granja no se llama multi-dust, se llama... granja de brujas.